春秋时期,今肃宁县地属晋国。东周显王十九年（公元前350年）前燕置武垣县，治所在今县城东南7.8公里处。隋开皇十六年（596年），武垣县更名河间县，初属瀛州，大业三年（607年）改隶河间郡。唐武德五年（622年），复置武垣县，辖今肃宁地。贞观元年（627年），省武垣入河间，肃宁地复属瀛州河间县。

宋雍熙三年（986年），在河间县西置平虏砦。景德二年（1005年）改为肃宁城（即今肃宁镇）。

金初置肃宁县，属河北东路河间府。

元世祖至元二年（1265年），废肃宁县为镇，入河间县，隶中书省河间路；后恢复原来建制。

明代自洪武元年（1368年）十月始，肃宁县一直属河间府。

清代，肃宁县属直隶省河间府。宣统三年（1911年），肃宁归天津河间道所辖。

民国2年（1913年），属直隶省渤海道，次年属直隶省津海道。民国17年（1928年），直隶省改为河北省，肃宁县属之。民国25年（1936年），属河北省沧县行政区。民国26年（1937年），属河北省第六行政督察区。民国27年（1938年）2月，属冀中区一专区。民国28年（1939年）2月，改属四专区。翌年夏秋，改属冀中区十专区。民国33年（1944年）10月1日，肃宁全境解放，成为冀中第一个解放的县。民国34年（1945年）10月，肃宁县改属冀中区八专区；民国35年（1946年）7月又改属九专区。

民国38年（1949年）8月1日，肃宁划属沧县专区。1952年11月，改属定县专区。1954年4月，复属沧县专区。1958年4月28日，改属天津专区，同年12月20日，国务院批准，撤销肃宁县，其行政区并入河间县，属天津市管辖。

1962年3月27日，复置肃宁县，属沧州专区。1993年7月，沧州地市合并，肃宁县隶属沧州市。至2017年，肃宁县建置与归属无变化。